重点検査は、公益認定基準への抵触が疑われる場合、法人内外から情報提供があった場合、過去の監督・審査の経緯から運営実態の確認が必要な場合などに、あらかじめ一定の間隔を定めず、必要に応じて機動的・集中的に行われます。

検査に当たっては、直近の事業報告等を確認した上で、事実を的確に把握し、法人に客観的な問題点を示すとともに、法人側の主張を十分に聴取することが基本とされます。
単に書類の不備を指摘するだけでなく、その背景や実際の運用状況も含めて確認されるため、法人として事実関係や判断の経緯を整理して説明することが重要です。
公益認定基準への不適合やその疑いが認められた場合には、必要に応じて報告徴収により事実関係を追加確認したうえで、法令上の要件に該当する場合には、勧告、命令、公益認定の取消しなどの監督処分等が行われることがあります。

点検調査は、従来の一律・画一的な立入検査とは異なり、手続や検査事項を簡素化し、公益法人が遵守すべき事項の注意喚起と制度理解の促進を目的として行われます。2～3時間程度(移動時間を含め半日程度)を目安に、総覧的な書面確認よりも、法人による自己点検と担当者との対話に重点を置いて進められます。

特に、新たに公益認定を受けた法人、定期提出書類に誤りや漏れが多い法人、ホームページ等による情報開示が十分でない法人などは、優先的に点検調査の対象となります。また、活動が停滞している法人（特に一定以上の財産を保有する場合）や、後日のサービス提供のために多額の資金を前払いで集めている法人などについても、ガバナンスの状況や事業内容等を踏まえ、必要性が高い場合には、3～5年程度に一度の点検調査を行うことが想定されています。

点検調査では、実態に応じた助言や注意喚起が行われます。

点検調査は、原則として全法人を対象に概ね10年以内を目途として実施されますが、活動状況、保有財産、ガバナンス、事業内容等によっては、3～5年程度の周期となることも想定されています。

点検調査で法令違反等の重大な問題が判明した場合には、重点検査や報告徴収の実施が検討されます。重点検査では原則として事前に通知され、点検調査についても、あらかじめメール等で法人に連絡があります。

具体的な実施日時や通知方法は、検査の目的や内容等を踏まえて決定されます。また、点検調査では、事前に「自己チェックシート」や「備置き書類一覧」の提出を求められます。

点検調査を単なる書類確認と捉えるのではなく、法人自身が運営状況を見直し、改善すべき点を把握する機会として活用することが有用です。

新制度下では、日常的な情報開示やガバナンスの状況も含め、継続的に自己点検を行う姿勢が一層重要になると考えられます。