最大の違いは、診療所の利益に「誰の税金」がかかるかです。

個人開業では利益のすべてが院長先生の事業所得となり、所得税（5〜45%の累進税率）と住民税（10%）が課されます。医療法人では利益は法人のものとなり、法人税が課されます。

中小法人の法人税率は、年800万円以下の所得部分が15%（2027年3月31日までに開始する事業年度の特例）、それを超える部分が23.2%です（中小企業庁）。

医療法人は税率面のメリットがある一方、資金の使い道や行政手続きの面で制約が増えます。どちらが有利かは、所得水準と先生ご自身の将来像によって変わります。

個人で開業する場合でも、将来の医療法人化を見据えて準備しておくと、移行がスムーズになり余計なコストも抑えられます。開業時に押さえておきたいのは次の点です。

• 帳簿と決算を整えておく：法人設立の申請では個人時代の決算書や事業計画が求められます。開業当初から正確な記帳を習慣にしておきましょう。
• 契約の名義変更を確認する：テナントの賃貸借契約やリース契約が、法人化の際に名義変更できるかを契約前に確認しておくと安心です。
• 法人へ引き継ぐ資産と負債を意識する：医療機器や内装などの資産、開業資金の借入金を法人へどう引き継ぐかで、法人のスタート時の財務内容が変わります。運転資金で借りた借入金は法人へ引き継ぐことができないケースが多くあります。
• 設立のスケジュールを逆算する：設立認可の申請受付が年1〜2回に限られる都道府県も多く、準備から設立まで半年以上かかるのが一般的です。一日でも送れると申請不可になりますのでスケジュールの確認は最初に行う必要があります。

なお、医療法人は一度設立すると簡単には解散できず、現在設立できる医療法人には出資持分がないため、解散時の残余財産は国などに帰属します。税率だけで判断せず、メリットと制約を比べたうえで決めることが大切です。

開業形態の判断は、開業後に何年も影響が続くため、相談相手となる税理士選びも重要です。医療機関には一般の事業にはない税務上の論点が多くあります。

• 医療特有の税務に詳しいか：社会保険診療の消費税非課税、概算経費の特例、診療報酬の入金が約2か月遅れることを踏まえた資金繰りなど、医療ならではの知識が必要です。
• 開業前から相談できるか：事業計画や融資の資料づくり、開業形態の判断は、開業前に関わってもらうほど効果的です。
• 医療法人化・分院展開の実績があるか：設立認可の申請や、毎年の決算届・役員変更届といった行政手続きにも対応できるかを確認しましょう。
• 長期的な視点で提案してくれるか：将来の事業承継や相続まで見据えた助言ができるかどうかも、大切な判断材料です。

医療法人化のタイミングに、誰にでも当てはまる正解はありません。目先の税負担だけでなく、5年後・10年後の診療所の姿、分院展開や承継の希望まで描いたうえで判断することが大切です。

日本クレアス税理士法人では、開業前のご相談から個人開業、医療法人化、分院展開、事業承継まで一貫してサポートしております。ご開業でお悩みの先生は、お気軽にご相談ください。